Les eaux tièdes de couleur chocolat du fleuve Manu commencent à la chaine des Andes par le Passage de Fitzacarald et se termine à Boca Manu quand il rejoint le fleuve Alto Madre de Dios en formant un des plus importants points hydrographiques de la forêt sud-est péruvienne, le fleuve Madre de Dios.

Une des caractéristiques les plus importantes de ce fleuve sont ses méandres ou ses lagunes formées par la déviation du fleuve au fil du temps.